Эмия Сиро — ученик второго класса старшей школы города Фуюки. Потерял своих родителей в прошлой войне Святого Грааля, проходившей в городе 10 лет назад. Его приёмный отец — Эмия Кирицугу — был магом и участвовал в войне как мастер. Он стал для юного Сиро примером для подражания, так как стремился помогать всем людям, используя свои способности. При этом Кирицугу не решился обучить Сиро каким-либо заклинаниям, за исключением одного-единственного магического приёма (см. ниже). После смерти приёмного отца, за Сиро стала присматривать Фудзимура Тайга — внучка старого друга Кирицугу и учительница в школе.

Став участником очередной войны за Святой Грааль, Эмия Сиро не желает сражаться с кем бы то ни было, однако, он узнает, что та катастрофа, из-за которой погибли все его близкие — это порождение Грааля. Если этот артефакт попадёт в руки безумца, катастрофа может повториться вновь. Эмия Сиро обладает редкой для мага способностью — трэйсингом (от англ. To trace — «снимать копию») — копированием и созданием объектов и вещей. В сценарии Unlimited Blade Works выясняется, что трэйсинг — это лишь побочная способность Сиро, основанная на его настоящей и единственной магии — Зеркале Души, пустынном холме, заполненном бесконечным множеством оружия, которое когда-либо существовало — Unlimited Blade Works.